在方舟子炮轰360初期，360曾对外宣称有网友爆料称方舟子被百度以金钱收买和利用，并在随后一些列澄清中，有意无意将矛头指向百度。

方舟子日前发出声明表示，奇虎360公司造谣其被百度以金钱收买和利用，是对其“打假斗士”的身份的名誉的严重损害和诽谤。他将通过法律途径维护自身权益，起诉奇虎360公司侵犯其名誉权。目前正在请律师着手对“方周大战”整理，包括搜集证据，写诉状等，很快会起诉奇虎360。

而无辜被“拉下水”的百度则在回应新快报记者时表示，绝无收买一事，公司将保留追究法律责任的权利。

不过，当昨日新快报记者要求360提供部分实际性证明方舟子被收买的证据时，却被以“尚未到时候”为由拒绝。

事实上，业界更倾向于相信方舟子并未被收买。ChinaGeeks.org的创始人兼编辑，知名的中国IT产业观察者C. Custer10月12日在TechinAsia上发表文章称，周鸿祎攻击方舟子被百度收买是可笑的。“一点都说不过去。” C. Custer说，“百度已经明确否认有任何金钱拉拢或影响方舟子和司马南的举动。由于奇虎仍无法提供任何百度与方舟子之间有勾结的证据，我倾向于相信，这基本是周鸿祎编造出来的。” 

值得注意的是，360方面也在积极筹备起诉方舟子，理由是方舟子所爆的料中，引用了大量未经核实的材料，其抹黑行为诋毁了360的商誉。“目前我们以对其微博发布的文字和视频进行了公证，将在本周一或周二于北京市有关法院提出诉讼请求。”